Dar nici această comunitate nouă n-a avut parte de pace, n-a fost ferită de frământări păgubitoare pentru existența spirituală a parohienilor. După întemeiere s-au iscat anumite disensiuni între credincioșii greci și macedo-români în privința persoanei preotului și a limbii liturgice. Deși au fost hirotonisiți doi preoți, unul grec și celălalt „valah-macedonean” și deși slujeau cu schimbul, dar întrucât sfintele taine și serviciul divin se făceau numai în limba greacă, această situație nu i-a mulțumit pe „valahi”, și, drept consecință, a pornit o acțiune de a câștiga dreptul pentru cel de al doilea preot, care să slujească în limba română vorbită aici.

Au urmat lupte înverșunate între credincioșii greci și români, care au durat 15 ani. În anul 1808, printr-un decret, se reglementează această problemă în felul următor: „Civicum pestiensium Valahicae nationis” (adică pentru valahii din Pesta) liturghia să fie celebrată alternativ în limba greacă cu cea valahă. Acest decret nu i-a mulțumit pe greci. Au și protestat la palatinul din Buda. Văzând însă că protestele lor nu au fost satisfăcute, au hotărât să părăsească biserica comună și să se despartă de români. În acest scop, în anul 1812, au închiriat o casă particulară, pe care au transformat-o în capelă, urmând, ca biserica construită în comun să rămână – aproape un deceniu – în folosința exclusivă a credincioșilor români.

Grecii, între timp, în mai multe rânduri au solicitat de la cei competenți aprobarea despărțirii lor definitive de români, cerând, totodată, ca românii să le achite o sumă de 30.000 florini – drept despăgubire – pentru a-și putea construi biserica lor proprie. Fiind consultată comunitatea română de către palatinat, aceasta se opune în mod categoric propunerii de a împărți realitățile bisericești și de a achita suma pretinsă de greci. În urma acestei anchete, palatinatul respinge pretenția grecilor.

Văzând grecii că nu li s-a aprobat cererea de a se despărți, dar nici românii nu erau dispuși a achita suma pretinsă, s-au reîntors în biserica comună, dar fără să renunțe la planul lor de a se separa. Acum au recurs la alte mijloace. Anume, au pretins aprobarea schimbării denumirii comunității. Precum s-a arătat mai sus, această comunitate s-a denumit „Comunitatea greco-valahă”. În noua lor cerere, grecii au solicitat schimbarea acestei titulaturi în „Comunitatea greacă și valahă”, cu motivarea că din prima denumire nu reiese fidel caracterul de comunitate greacă și valahă, ci că ar arăta că aceasta este numai valahă de religie greacă. Românii, firește, au protestat.

Un ordin regal, din anul 1834, a pus capăt acestor divergențe, respingând cererea de separare a grecilor și – ca referire la „longaevus usus” (uzul vechi) – a ordonat menținerea „statu-quoului”, accentuând, că această comunitate bisericească a luat ființă din două popoare cu limbă și origine etnică diferită. Grecii au luat la cunoștință această situație și timp de 40 de ani s-a restabilit o pace relativă între credincioșii comunității. În cursul acestor 40 de ani, numărul parohienilor macedo-români a început să scadă în mod vertiginos, dar în același timp, cel al românilor băștinași a crescut în continuu și simțitor, prin stabilirea în capitală a funcționarilor, comercianților, meseriașilor și studenților, care veneau din Ardeal și restul Ungariei, găsindu-și aici existența.

Era firesc ca acești români, stabiliți în capitală în număr apreciabil, să-și găsească locul lor de închinare în biserica ortodoxă, considerându-se a fi membri naturali ai acestei comunități, pe care o socoteau a lor. Grecii nu s-au bucurat de această situație și au recurs (mai ales după ce în anul 1868 Biserica din Transilvania, prin reorganizarea Mitropoliei Ardealului, s-a despărțit de ceea sârbă) la mijloace noi pentru realizarea planului lor vechi de separare. Au început a susține că fondatorii comunității sânt numai greci și români macedoneni (reducându-se numărul acestora din urmă la abia 8–9 persoane) și au hotărât ca în viitor nici un român să nu mai fie primit în comunitate. Vechii români băștinași să fie tolerați, dar descendenții acestora să nu mai fie admiși.

Moartea ultimului preot român a acestei parohii, Ioanichie Miculescu – intervenită la data de 21 septembrie 1887 – a adus o nouă întorsătură, cu totul nefavorabilă pentru elementul românesc în viața comunității. Grecii, văzând acum circumstanțele favorabile pentru realizarea scopului lor din trecut, în adunarea lor din anul 1888, au hotărât nu numai desființarea postului de preot român, ci și scoaterea liturghiei române din biserică. La fel au cerut și suprimarea postului de învățător și cântăreț român, suspendând din funcția de epitrop pe Atanasie Bărian și Gheorghe Oprea, amândoi români băștinași din capitală.

Această hotărâre a grecilor a fost aprobată de către Ministerul Cultelor Ungare cu rezoluția Nr. 20.562 din 28 mai 1888. În virtutea acestei deciziuni ministeriale, elementul românesc a fost scos cu desăvârșire din comunitatea bisericească, asigurându-li-se dreptul, pe baza articolului 24 al legii LIII (1868), a-și putea înființa o comunitate bisericească separată.

Izgonirea românilor ortodocși din biserica în care se închina odinioară Andrei Șaguna sau Emanuil Gojdu, figurile cele mai marcante ale istoriei românilor din Ungaria, este un caz fără precedent și inexplicabil. După o mulțime de proteste, prezentate Ministerului Cultelor și chiar împăratului de către credincioșii români excluși și după decizia negativă cu Nr. 26.132/1890 a Ministerului Cultelor, a rămas doar o singură soluție: înființarea unei parohii ortodoxe române – independentă de cea greacă pentru românii ortodocși din capitala Ungariei.

Pentru ca acest deziderat să poată fi dus la bun sfârșit, neobosiții intelectuali români din Budapesta, grupați în jurul judecătorilor Atanasie Cimponeriu și dr. Iuliu Pușcariu, au făcut toate demersurile în vederea constituirii unei parohii, solicitând concursul episcopiei din Arad.

Acești buni organizatori, în anul 1890, într-un memoriu – după ce descriu frământările din trecut și starea grea în care au ajuns credincioșii români din Budapesta – cereau aprobarea constituirii lor în parohie și încorporarea acesteia – potrivit art. IX. din legea din 1868 – în Mitropolia Ardealului.

Consistoriul arădean, în ședința sa din 15 decembrie 1890, sa ocupat de această problemă, dar numai în principiu. Rezoluția consistoriului, firește, nu i-a satisfăcut pe solicitanții, care la rândul lor, în anul 1891, au înaintat Episcopiei Aradului o nouă petiție, cu rugămintea insistentă de a se rezolva fără amânare această problemă arzătoare a românilor ortodocși din Budapesta, rămași fără biserică, fără preot și catihet.

Consistoriul din Arad, în ședința sa din 11 martie 1891, a dezbătut noua cerere a românilor ortodocși din capitala Ungară, pe care, aprobându-o, a dat toate îndrumările necesare în legătură cu constituirea în parohie a credincioșilor scoși din biserica greco-valahă. Iar până ce vor fi asigurate condițiunile întemeierii unei parohii – potrivit dispozițiunilor din legiuirea bisericească în vigoare în Ungaria (Statutul organic șagunian) –, satisfacerea necesităților sufletești ale credincioșilor și tineretului școlar a fost încredințată preotului militar din garnizoana Budapestei.

Dar și această rezoluție a fost efemeră, deoarece acest preot, nu peste mult timp, a fost transferat la Viena. După plecarea preotului militar din capitală, situația credincioșilor disperați s-a agravat și mai mult prin faptul că au rămas din nou fără serviciu divin. Mulțimea tinerilor a rămas fără catehizare și erau nevoiți să primească învățăturile credinței în parte de la preotul grec, în parte de la cel sârb, în limba maghiară sau germană.

Pentru a se pune capăt acestei stări deplorabile și nefirești, reprezentanții românilor ortodocși din capitală – la multele insistențe ale părinților școlarilor – într-o nouă petiție s-au adresat consistoriului arădean cu cererea de a li se „…institui barem un catihet pentru mulții tineri de aici”, propunându-l pe absolventul în teologie Gheorghe Bogoievici, care, din anul 1893, a îndeplinit funcția de exactor la Fundațiunea „Emanuil Gojdu” din Budapesta și care a luat parte activă la toate mișcările și luptele în legătură cu înființarea parohiei românilor ortodocși din Budapesta. Pe baza acestei propuneri și a cererii personale a lui Gheorghe Bogoievici, Ioan Mețianu, episcopul Aradului, mai târziu mitropolitul Ardealului,  cu data de 28 august 1895, îl numește pe teologul Bogoievici „…de catihet interimar pentru tinerimea de religiune gr. or. română de la toate institutele publice de învățământ din capitala Budapesta”.

Cât era de necesară trimiterea unui catihet și înființarea parohiei din Budapesta se dovedește și prin faptul că, imediat după numirea în postul de catihet a lui Gheorghe Bogoievici, episcopul sârb, Gheorghe Bogdanovici, n-a ezitat să protesteze împotriva acestei hotărâri episcopale, afirmând – fără nici un temei – că românii scoși din comunitatea greco-valahă aparțin jurisdicțiunii sale, accentuând că „…orice catihet din Budapesta ține esclusiv de jurisdicțiunea sa, fără învoirea lui dară nime nu poate fi instituit de catihet…”. Prin instituirea lui Gheorghe Bogoievici în postul de catihet, problema nu s-a rezolvat încă pe deplin. S-a ajuns ca tineretul școlar din Budapesta și împrejurimi să primească cunoștințele credinței, dar a rămas nerezolvată problema satisfacerii necesităților sufletești ale bunilor credincioși din capitala Ungariei. Doreau să participe la liturghii, voiau să se spovedească și să se împărtășească, dar nu aveau unde. Din biserica greco-valahă erau izgoniți, cu sârbii – mai ales după procedura episcopului Bogdanovici în legătură cu instituirea teologului Gh. Bogoievici – nu voiau să aibă nimic comun. Pentru soluționarea problemei, a rămas doar o singură posibilitate, aceea de a se asigura un preot stabil pentru credincioșii din Budapesta, precum reiese din cererea lor, înaintată, la data de 1 septembrie 1899 episcopului Iosif Goldiș al Aradului. În cerere se spune, între altele: „…Deci subscrișii, locuitori gr. or. români din Budapesta, în numele lor și a celorlalți mulți credincioși de aici (aproape 1000 suflete) ne rugăm de prea Sfinția Ta, că și până la constituirea definitivă a comunei noastre bisericești, pentru care la timp potrivit vom face ulteriorii pași, să binevoiți a sfinți pe catechetul Gheorghe Bogoevici întru preot diecezan cu misiune la Budapesta pentru prevederea credincioșilor noștri de aici și îndeosebi a tinerimei noastre studioase cu cele sfinte, deobligându-ne că și până la inactivarea nouei parohiivom griji de susținerea lui…”. Petiția a fost semnată, pe lângă 38 capi de familie, și de reprezentanții tineretului.

Această cerere de mare importanță pentru credincioșii din Budapesta, care poartă în sine nucleul înființării parohiei ortodoxe române din capitala Ungariei, n-a putut să rămână fără ecou în cercurile bisericești competente din Arad. Având cererea o deosebită pondere în fața regretatului episcop Iosif Goldiș, acesta numaidecât a informat pe conducătorul cauzei românilor ortodocși din capitală, Atanasie Cimponeriu, despre demersurile care urmează a se lua în vederea înființării comunității ortodoxe române din Budapesta, cu atât mai mult cu cât și episcopul s-a convins că înființarea acestei enorii nu mai poate suferi nici o amânare. Drept urmare, numitul episcop, în adresa din 26 noiembrie 1899, a precizat în 7 puncte condițiile pe lângă observarea cărora poate lua ființă o nouă comunitate.

Între timp a intervenit un fapt regretabil. Înțeleptul conducător al cauzei românilor ortodocși din Budapesta, Atanasie Cimponeriu, care și până atunci a avut corespondență directă cu episcopul Goldiș, a devenit grav bolnav, fapt care, la data de 18 decembrie 1899, l-a comunicat episcopului printr-o scrisoare”. Concomitent cu aceasta, Atanasie Cimponeriu s-a adresat și celui mai prețuit prieten și colaborator al său de cauză, dr-lui Iosif Gall, pe care îl roagă să primească continuarea treburilor „…cu zelul înnăscut și de nenumărabile ori probat, ce pentru cauzele nostre naționale-bisericești ai dovedit, să binevoieșci a lua și firul continuării lucrărilor în direcțiunile arătate de Domnul Episcop al Aradului spre scopul de sus… în cauza aceasta deslușirile necesare și anume exclusele ce póte da exactorul fondațiunii Gojdu, Dl. George Bogoevici, carele și aspirează la postul de preot gr. or. român din Budapesta”.

Ca fiu de protopop, dr. Iosif Gall, care toată viața sa a rămas atașat Bisericii Ortodoxe Române și pe care a sprijinit-o din toate puterile, omul, care a luat parte și la primul Congres Național Bisericesc din anul 1868, în care s-a dezbătut vestitul Statut organic șagunian, temelia organizatorică în spirit democratic a Bisericii Române de lege ortodoxă din Ardeal și Ungaria, a primit cu bucurie însărcinarea de a duce mai departe lucrările referitoare la înființarea comunității ortodoxe române din Budapesta.