Emanuil Gojdu era de origine macedoromână, strămoșii săi au venit din Moscopole „cel mai mare și bogat oraș, nu numai din toată Grecia, dar și întreg imperiu turcesc.” În secolul al XVIII-lea Peninsula Balcanică era răvășită de turci. Atunci românii și grecii din Macedonia s-au revărsat prin mai multe valuri spre nordul Dunării în Ungaria, Galiția și Polonia. Procesul de emigrare era dominant mai ales în a doua jumătate a secolului al XVIII-lea, după distrugerea de către Ali pașa din Ianina a orașului Moscopole din Albania, eveniment petrecut în două rânduri, în 1769 și 1788. Importantul centru comercial și cultural Moscopole, număra la data amintită 80.000 de locuitori.